Que tal camarada:
Te recomiendo revisar primero todos tus fusibles, lo mas seguro es que hayas quemado alguno de la alarma, receptor o seguros eléctricos, ésto pasa cuando trabajas con el sistema eléctrico sin desconectar previamente la batería/acumulador.
Ojo, si ésto no fue el problema, debes saber que existen algunos civics (dependiendo de la región) que tienen conectada la alarma al estéreo y que cuando extraes el estéreo oem deja de funcionar correctamente el sistema de seguridad de la alarma. Para resolver ésto debes puentear los cables que te sobraron, usando un multímetro y mandando la señal con el control remoto o el switch del actuador principal.
Por lo general suelen ser los cables rojos o grises, el otro corresponde al dimmer de las luces.
Cuéntanos como te fue.
Saludos hondero.