Que tal estimado:
Lo mas probable es que lo hayas traído en D3, que lo hayas traído como el diablo o que lo hayas traído en una pendiente lo que difícilmente haría el cambio a cuarta (cuando te indican D4 se refieren a D).
Te recomiendo que lo vuelvas a probar en carretera en plano, observa las revoluciones, en aceleración continua, la aguja debe bajar 3 veces para que te de los 4 cambios.
Si revolucionas mas el coche tardará mas en entrar el cuarto cambio debido al VTEC, si quieres que haga todos los cambios la aceleración debe ser contínua y suave para que no se active el VTEC.
Si el led o recuadro de tu tablero no parpadea, no indica daños. Aunque no debemos valernos de ésto siempre.
DEBES UTILIZAR SOLO EL ACEITE DE CAJA ATF ORIGINAL DE HONDA SIEMPRE, SI NO QUIERES TENER PROBLEMAS COM TU CAJA
DATO ADICIONAL: Los civic AT del 2001-2003 tienen 4 cambios o engranes y de 2004 y 2005 poseen 5
Saludos hondero, cuéntanos como te fue com tu prueba